Vatn getur mengast á marga vegu. Ef ekki er gætt að frágangi nálægt yfirborðsvötnum má búast við mengun frá mönnum og dýrum sem getur verið sjúkdómsvaldandi. Hægt er að koma í veg fyrir þetta með réttri staðsetningu vatnsbóls, góðum frágangi og vel skilgreindu verndarsvæði.

 

 

Það getur komið fyrir þar sem fólk notar brunna, t.d. í fátækum ríkjum að vatnið í brunnunum sé salt og mjólkurkennt og óhæft til drykkjar. Í sumum þorpum er aðeins einn brunnur og því þurfa bæði menn og dýr að neyta vatnsins í honum og þá er möguleiki á því að úrgangur og önnur óhreinindi berist í vatnið og valdi ýmiss konar pestum og sjúkdómum.